حاج اقا مصطفی خمینی در دوازدهم رجب سال 1349 قمری برابر با اذر 1309در شهر قم به دنیا امد.نامش را محمد نهادند.لقبش را به یاد جد شهیدش مصطفی و کنیه اش را ابوالحسن.اقا مصطفی در خانه پاک و بی الیش امام خمینی و در اغوش مادری با محبت و در محیطی پراز معنویت و صفا و صمیمیت رشد کرد.وی باهوش و بازیگوش بود.به بازی علاقه فراوان داشت و بازهای کودکانه اش گاه همه را به تعجب وا می داشت شجاعت و بی باکیش از همان کودکی اشکار بود.او به شنا بسیار علاقه مند بود و در مسابقه های شنای قم شرکت می کرد.وی پس از پایان رساندن دبستان با تشویق پدر تحصیلات حوزه را اغاز کرد .

مدتهادر خانواده امام بحث ازدواج اقا مصطفی بود .تا اینکه شایع شد ایشان با اقا مرتضی حائری فامیل شده است .وقتی این شایعه به گوش امام رسید.پیشنهاد کرد چطور است این شایعه را حقیقتش کنیم .فردا صبح به اقای حائری پیغام فرستاد که ظهر همان روز انها جواب دادند.سرانجام اقا مصطفی در سن 22 سالگی با دختر ایت ا.. حاج شیخ مرتضی حائری ازدواج کرد .زندگی ایشان با سادگی اغاز شد و تا پایان عمر وی ادامه داشت.حاصل ازدواج انها چهار فرزند بود .یکی در حمله ساواک به منزل ایشان از بین رفت .یک دختر و یک پسر برای او باقی ماندند و دخت اول اقا بر اثر بیماری از دنیا رفت.

هوش استعداد کارو تلاش علمی اقا مصطفی در راه بدست اوردن دانش های گوناگون اورا به درجه ای از کمال رساند که نه تنها بر دانشهای رایج حوزه احاطه و چیرگی کامل یافت بلکه در دیگر دانشها نیز تخصص و مهارت کافی یافت.از ویژگیهای مهم حاج اقا مصطفی عبادت فراوان شب زنده داری و رازو نیاز نیمه شب به بارگاه پروردگار بود .همسرش می گوید :همیشه شبها بیدار بود و تا صبح به دعا و نیایش می پرداخت و من اکثرا صدای او را که بلند بلند گریه می کرد می شنیدم.

ایشان در جامعه به عنوان دانشمندی روحانی و سید محترم باوقار با ادب و خوش اخلاق فروتن و دوست داشتنی معروف بود.او با علما و مجتهدانی مانند:ایات عظام حکیم مرعشی سبحانی حائری شاهرودی ارتباط داشت و هرچند خود از نظر علمی پیشرفت قابل توجهی کرده بود همیشه در برابر انان روحیه شاگردی و حالت فروتنی خود را حفظ می کرد.حاج اقا مصطفی در حوزه نجف به عنوان یک مجتهد مشهور بود ولی وقتی با استادش از اتاق خارج می شد زودتر می دوید و کفش استادش را جفت می کرد