کشمکش میان صفاریان و خلافت بغداد
محمد بن واصل تمیمی بر فارس چیره شده بود. المتعمد عباسی فارس را به موسی بن بغا داد، موسی نیز عبدالرحمان بن مفلح را به جنگ محمد بن واصل فرستاد، عبدالرحمان شکست خورد و اسیر شد. چون یعقوب در سیستان خبر بالا گرفتن کار ابن واصل را شنید طمع در ولایت فارس بست، در حالیکه محمد بن واصل در اهواز بود وی رو به فارس نهاد و فارس را تصرف کرد. در سال ۲۶۲ یعقوب از فارس رو به خوزستان نهاد. چون خبر به خلیفه المعتمد رسید فرمان حکومت خراسان، گرگان، طبرستان و ری و فارس را در حضور حاجیان به شمول شرطگی بغداد به وی داد. اما یعقوب راضی نشد و به خلیفه پیغام داد که به چیزی راضی نیست جز رسیدن به بغداد. خلیفه برادرش الموفق را به جنگ با یعقوب فرستاد، یعقوب درین جنگ شکست خورد و فرار کرد. بسیاری از اموال یعقوب بدست سپاهیان بغداد افتاد، و به نام غنیمت به بغداد برده شدند. المؤفق به علت بیماری به بغداد بازگشت و یعقوب نیز در گندی‌شاپور به قولنج مبتلا گشت. خلیفه رسولی را با منشور ولایت فارس و استمالت نزد یعقوب فرستاد. یعقوب قدری نان خشک و پیاز و شمشیر را پیش روی خود نهاد و به رسول گفت:
«به خلیفه بگو که من مردی رویگر زاده‌ام و اکنون بیمارم و اگر بمیرم تو از من رها می‌شوی و من از تو، اگر ماندم این شمشیر میان ما داوری خواهد کرد، اگر من غالب شوم که به کام خود رسیده باشم و اگر مغلوب شوم این نان خشک و پیاز مرا بس است.»
یعقوب در سال ۲۶۵ در گندی شاپور در اثر قولنج در گذشت. یعقوب را مردی باخرد و استوار توصیف کرده‌اند. حسن بن زید علوی که یکی از دشمنانش بود او را نسبت استقامت و پایداریش سندان لقب داده بود.
آرامگاه یعقوب لیث صفاری
آرامگاه یعقوب لیث اکنون در ۱۲ کیلومتری جنوب شرقی دزفول در روستایی به نام اسلام‌آباد دزفول یا شاه‌آباد دزفول قرار دارد. قدمت آرامگاه یعقوب لیث صفاری، به دوره سلجوقی تا قاجار می‌رسد و در روستایی در ۱۰ کیلومتری دزفول (سمت راست جاده دزفول شوشتر) واقع شده‌است. بنا احتمالا آرامگاه شاه ابوالقاسم، سردار نامی ایران، یعقوب لیث صفاری، است که در شهر جندی شاپور وفات یافته‌است. آرامگاه با گنبد مضرس ساخته شده و با توجه به مرمت‌های مختلف، قدیمی‌ترین قسمت آن مربوط به دوره سلجوقی است.